Wilayah hukum Pengadilan Militer III-15 Kupang yang meliputi seluruh wilayah Propinsi Nusa Tenggara Timur yang terdiri dari 21 (Dua puluh satu) daerah Tingkat II dan 1 (satu) Kota Madya. Di wilayah tersebut terdapat dislokasi satuan-satuan TNI yang terdari dari 41 (Empat Puluh Satu) yang terhampar di Provinsi Nusa Tenggara Timur Matra Darat, Laut dan Udara, yakni :
- Korem 161/Wirsakti
- Kodim 1601/Sumba Timur
- Kodim 1602/Ende
- Kodim 1603/Sikka
- Kodim 1604/Kupang
- Kodim 1605/Belu
- Kodim 1612/Manggarai
- Kodim 1613/Sumba Barat
- Kodim 1618/TTU
- Kodim 1621/TTS
- Kodim 1622/Alor
- Kodim 1624/Flores Timur
- Kodim 1625/Bajawa
- Kodim 1627/Rote Ndao
- Kodim 1629/Sumba Barat Daya
- Ajen 161/Wirasakti
- Bekang 161/Wirsakti
- Denkesyah 161/Wirasakti
- Denpal 161/Wirsakti
- Denzipur 161/Wirasakti
- Denpom IX/1 Kupang
- Zibang IX/1 Kupang
- Brigif 21/Komodo
- Yonif 743 Psy/Kupang
- Yonif 744 Syb/Atambua
- Yonkav Atambua
- Yonarmed Atambua
- Yonarmed 20/155 GS/Bhadika Yudha
- Yonarhanud 9/Angkasa Widya Jayanta
- Lantamal VII/Kupang
- Lanal Kupang
- Lanal Sikka
- Pom AL Kupang
- Yonmar Kupang
- Rumkit AL
- Lanud El Tari/Kupang
- Lanudal El Tari/Kupang
- Yonarmed Kupang
- Pom AU Kupang
- Rumkit AU
- Radar 241 Buraen – NTT